Kdo nic nezkusí, nic nezkazí, ale ani nic nového neobjeví. Zelená voda v jezírku je známkou vyššího obsahu fosforu. Ten se na běžných "technických" ČOV sráží síranem železitým a sraženina se pak spolu s nerozloženým kalem gravitačně odděluje od vody. U kořenovky by takový postup přinejmenším kazil dojem z přírodního čištění odpadní vody. Můžete tak experimentovat a hledat rostliny, které si na fosfor obzvlášť potrpí a pak poradit dalším, jak zbavit vodu zelené barvy.
Jen bych doporučoval umístit čerpadlo raději do odběrné šachty mezi KČOV a jezírkem, kde odtéká voda ještě čirá. Řasy dokážou čerpadla (zvláště s malým výkonem) ucpávat. Ucpávaly by se i hadičky a případně kapiláry, pokud plánujete pro hydroponii kapkovou závlahu shora. Voda by neměla nikde přicházet do kontaktu se světlem, jinak se bude zelenat jako v jezírku.
Skleník nad KČOV jsem zatím nikde neviděl. Nejspíš z ekonomických důvodů. KČOV by nebyla v zimě v útlumu, v létě je potřeba počítat s vyššími teplotami ve skleníku nebo vyřešit konstrukci tak, aby se dala na léto snadno demontovat. Nevím, jaké teploty snese rákosí. Třeba šoupací střechu pro kryté bazény, posazenou na prosklenou obvodovou zeď, aby mělo rákosí dost prostoru do výšky.